Si bien la transgénesis ofrece un panorama alentador, aún está sujeta a un intenso debate que involucra aspectos políticos, económicos, científicos y éticos. Si bien esta situación ha provocado un gran interés por parte de la comunidad científica, la información reunida hasta ahora no es suficiente como para poder esgrimir opiniones fundamentadas.
Uno de los argumentos a favor incluye la disminución del uso de pesticidas y herbicidas. A mediados de los años 1990, las compañías de agronegocios comenzaron a publicitar semillas genéticamente modificadas que prometían reducir el uso de pesticidas. En la actualidad, la mayoría de los cultivos genéticamente modificados -canola, soja, maíz y algodón- contiene un gen de resistencia a pestes o tolerancia a herbicidas.
Entre los argumentos en contra figura el peligro para la vida salvaje. Los ambientalistas insisten en que el uso de cultivos genéticamente modificados puede provocar daños en la vida de otros seres vivos, como las mariposas. Si bien algunos estudios han demostrado que las mariposas que consumen productos genéticamente modificados mueren en una gran proporción, los resultados de estos estudios no pueden extrapolarse a lo que ocurre en el campo, ya que estos animales han estado en contacto con grandes cantidades de organismos genéticamente modificados (lo cual es poco probable que suceda en la naturaleza). Nuevamente nos encontramos con la situación anterior; no hay datos científicos que puedan ayudar a estimar el impacto del uso de este tipo de cultivos.
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