Las dificultades que encuentran los alumnos de los colegios al estudiar ciencias se debe, principalmente, a dos razones. La primera se relaciona con la estructura del pensamiento científico: la ciencia utiliza formas de pensar que no son habituales en el razonamiento de la vida diaria, y muchos de sus conceptos resultan, a veces, contrarios al sentido intuitivo. La segunda razón es el vínculo entre el conocimiento científico y las concepciones que crean los alumnos.
Algunas de las ideas de la ciencia son contrarias a lo que observamos y experimentamos en la vida diaria. Por ejemplo, la idea de que la Tierra gira alrededor del Sol: todos vemos que el Sol se mueve por el cielo y no percibimos que sea la Tierra la que lo hace. En biología, la idea de que los seres vivos están formados por los mismos elementos químicos que la materia inerte contradice en sentido común, pues las características de aquellos son completamente diferentes de la de esta.
Estas ideas nos resultan contrarias a nuestras intuiciones espontáneas porque habitualmente usamos una lógica diferente de la que usan los científicos. Contrariamente al razonamiento científico, las formas cotidianas de pensar y hasta de actuar no requieren de una lógica estricta, son subjetivas y hasta veces poco racionales. Esta diferencia entre formas de pensar contribuye a que aprender ciencias resulte, para muchos alumnos, un proceso difícil.
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